合作医疗和医保是两种不同的医疗保险制度，它们之间的主要区别在于资金来源和管理方式。
首先，合作医疗是一种由农村居民自愿参加的医疗保险制度，由农村集体经济组织或者农民个人出资，政府给予一定补贴。它的资金来源主要是农村集体经济组织和农民个人缴纳的合作医疗基金，政府会根据情况给予一定的财政补贴。而医保则是城市居民的医疗保险制度，由城市居民自愿参加，由政府设立专门的医疗保险机构来管理。它的资金来源主要是城市居民缴纳的基本医疗保险费，政府也会给予一定的财政补贴。
其次，合作医疗和医保的管理方式也有所不同。合作医疗一般由当地卫生部门或者农村合作医疗管理机构负责管理，而医保则由政府设立的医疗保险机构负责管理。此外，合作医疗主要覆盖农村居民，而医保主要覆盖城市居民。
除了以上区别，合作医疗和医保还有一些其他方面的不同。首先，合作医疗的保障水平相对较低，因为它的资金来源主要是农村集体经济组织和农民个人缴纳的合作医疗基金，而医保的保障水平相对较高，因为它的资金来源主要是城市居民缴纳的基本医疗保险费和政府财政补贴。其次，合作医疗的报销比例相对较低，因为它的管理方式比较简单，而医保的报销比例相对较高，因为它的管理方式比较复杂。
总的来说，合作医疗和医保是两种不同的医疗保险制度，它们之间的区别主要在于资金来源和管理方式。由于这些不同，它们所覆盖的人群、保障水平、报销比例等方面也有所不同。
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